Sistem pendaftaran tanah yang dianut di Indonesia pada dasarnya adalah sistem negatif. Dalam sistem ini, yang didaftarkan bukan semata-mata haknya, melainkan perbuatan hukum (deeds) yang menjadi dasar lahirnya hak tersebut. Oleh karena itu, sistem ini dikenal sebagai registration of deeds.
Sistem pendaftaran negatif banyak dianut oleh negara-negara Eropa Kontinental, termasuk Belanda dan Indonesia. Sebelum berlakunya UUPA, pendaftaran tanah untuk tanah-tanah Barat di Indonesia dilaksanakan berdasarkan Overschrijvings Ordonnantie Staatsblad 1834 Nomor 27 dengan sistem negatif. Dalam praktiknya, sistem tersebut dilaksanakan secara sangat teliti karena negara tidak memberikan jaminan mutlak terhadap kebenaran data yang tercatat.
Setelah berlakunya UUPA, pengaturan pendaftaran tanah diatur melalui: PP No. 10 Tahun 1961; kemudian diganti dengan PP No. 24 Tahun 1997. Dalam perkembangan tersebut, Indonesia menganut sistem negatif yang mengandung unsur positif (negative publication system with positive tendency).
Unsur positif dalam sistem pendaftaran tanah Indonesia tercermin dalam Pasal 32 ayat (2) PP No. 24 Tahun 1997 yang pada pokoknya menentukan bahwa: apabila suatu sertifikat telah diterbitkan secara sah kepada seseorang atau badan hukum yang memperoleh tanah dengan itikad baik dan secara nyata menguasai tanah tersebut, maka pihak lain yang merasa memiliki hak atas tanah tersebut tidak dapat lagi menuntut haknya apabila dalam waktu 5 (lima) tahun sejak penerbitan sertifikat: tidak mengajukan keberatan tertulis kepada pemegang sertifikat dan Kantor Pertanahan; atau tidak mengajukan gugatan ke pengadilan.
Ketentuan tersebut menunjukkan adanya perlindungan hukum terhadap pemegang sertifikat yang beritikad baik guna menciptakan kepastian hukum dalam bidang pertanahan.
